一、根据《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第97号）的规定：“六、申报及备案管理
（一） 企业年度纳税申报时，根据研发支出辅助账汇总表填报研发项目可加计扣除研发费用情况归集表（见附件），在年度纳税申报时随申报表一并报送。
（二） 研发费用加计扣除实行备案管理， 除“备案资料”和“主要留存备查资料” 按照本公告规定执行外，其他备案管理要求按照《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的规定执行。
（三） 企业应当不迟于年度汇算清缴纳税申报时，向税务机关报送《企业所得税优惠事项备案表》和研发项目文件完成备案，并将下列资料留存备查：
1.自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
2.自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；
3.经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同；
4.从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明（包括工作使用情况记录）；
5.集中研发项目研发费决算表、集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料；
6.“研发支出”辅助账；
7.企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查;
8.省税务机关规定的其他资料。”
二、如纳税人存在委托境外研究开发费用的，根据《财政部 税务总局 科技部关于企业委托境外研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2018〕64号）的规定：“三、企业应在年度申报享受优惠时，按照《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）的规定办理有关手续，并留存备查以下资料：
（一）企业委托研发项目计划书和企业有权部门立项的决议文件；
（二）委托研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；
（三）经科技行政主管部门登记的委托境外研发合同；
（四）“研发支出”辅助账及汇总表；
（五）委托境外研发银行支付凭证和受托方开具的收款凭据；
（六）当年委托研发项目的进展情况等资料。
企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查。”
三、根据《国家税务总局关于发布修订后的《企业所得税优惠政策事项办理办法》的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）规定：“第四条 企业享受优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式。企业应当根据经营情况以及相关税收规定自行判断是否符合优惠事项规定的条件，符合条件的可以按照《目录》列示的时间自行计算减免税额，并通过填报企业所得税纳税申报表享受税收优惠。同时，按照本办法的规定归集和留存相关资料备查。……
第十五条 本办法适用于2017年度企业所得税汇算清缴及以后年度企业所得税优惠事项办理工作。”
综上，企业享受研发费用加计扣除的优惠，在年度纳税申报时应按上述规定归集资料，并留存备查。
